I ett uttalande på prestigeuniversitetets hemsida skriver Armstrong att hon är stolt över att ha lett Columbia under en "viktig och utmanande tid" men att vetenskapen och läkekonsten är hennes hjärtefrågor och att hon därför har beslutat att återvända till sin tidigare roll som föreståndare för lärosätets medicinska fakultet.
President Donald Trumps administration drog tillbaka stödet den 7 mars och anklagade universitetsledningen för "passivitet inför ihållande trakasserier av judiska studenter".
Columbia University, som är ett av USA:s mest anrika universitet, hamnade i hetluften under förra våren i samband med studentprotester mot Israel under kriget i Gaza.
Studenter höll dagliga demonstrationer och upprättade ett tältläger i ett försök att få universitetet att sluta samarbeta med företag som har koppling till Israels regering.
