Straffet på runt 80 piskrapp utdelades dagtid i en park i provinshuvudstaden Banda Aceh. Bägge slogs med en pinne i rotting medan människor tittade på. På bilder ses hur en av männen hänger lealös mot en polisman efter pryglingen.
Männen, 18 respektive 24 år gamla, är studenter vid samma universitet. De greps i november och anklagades för samkönat sex, vilket strider mot provinsens strikta sharialagar.
Människorättsorganisationer förkastar regionen Acehs behandling av hbtq-personer.
Hoten, diskrimineringen och övergreppen mot hbtq-personer i Aceh är som en bottenlös brunn, säger Human Rights Watchs Andreas Harsono till AFP.
Aceh, som ligger på ön Sumatras nordspets, är den enda indonesiska provinsen som styrs med sharialagar.
