Kevin Jansen blev matchhjälte med sitt avgörande 2-1-mål efter 86 minuter.
Segern var FC Honkas fjärde på de senaste fem matcherna.
Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Matias Tamminen till och gav Inter Turku ledningen.
I 49:e minuten nätade Agon Sadiku, och kvitterade för FC Honka.
I den 64:e minuten fick Inter Turku Markus Arsalo utvisad, och fick spela med en man mindre sista 26 minuterna.
Det matchavgörande målet kom i slutminuterna, med fyra minuter kvar att spela, när Kevin Jansen gjorde 2-1 för FC Honka. Jansen fullbordade därmed lagets vändning. Det fastställde slutresultatet till 2-1.
FC Honka har fyra segrar och en oavgjord på de senaste fem matcherna, medan Inter Turku har två vinster och och tre förluster. Det här var FC Honkas andra uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också Inter Turkus tredje uddamålsförlust.
Det här betyder att FC Honka ligger kvar på tredje plats i tabellen, och Inter Turku på fjärde plats.
Fredag 13 maj 18.00 spelar FC Honka borta mot AC Oulu. Inter Turku möter HIFK hemma lördag 14 maj 17.00.