Cristian Valencia blev matchhjälte med sitt avgörande 1-0-mål efter 80 minuter.
Det dröjde till den 80:e minuten innan Cristian Valencia på pass av Daniel Hakans gav SJK ledningen.
SJK har två segrar, en oavgjord och två förluster på de senaste fem matcherna, medan IFK Mariehamn har en vinst, en oavgjord och tre förluster. Förlusten var IFK Mariehamns andra uddamålsförlust.
Det här betyder att SJK nu ligger på sjunde plats i tabellen, och IFK Mariehamn är på elfte plats.
Nästa motstånd för IFK Mariehamn är VPS. Lagen möts söndag 29 maj 18.30.