Elsa Karlsson blev matchhjälte med sitt avgörande 2-1-mål efter 90 minuter.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 54:e minuten innan Vilde Hasund gav Hammarby ledningen.
I den 73:e minuten kvitterade Tilde Lindwall för Djurgården.
Det matchavgörande målet kom i 90:e minuten, när Elsa Karlsson gjorde 1-2 för Hammarby. 1-2-målet blev matchens sista.
Djurgården har tre vinster och två förluster på de senaste fem matcherna, medan Hammarby har två vinster, en oavgjord och två förluster. Det här var Hammarbys andra uddamålsseger.
Det här betyder att Djurgården nu ligger på nionde plats i tabellen, och Hammarby är på åttonde plats.
I nästa match möter Hammarby IFK Kalmar borta på söndag 29 maj 16.00.