Efter en mållös första halvlek tog FC Inter ledningen i andra halvleken och hemmalaget lyckades inte resa sig.
FC Inters målskyttar var Taiki Kagayama och Benjamin Källman, som gjorde ett mål var.
I tabellen innebär det här att FC Inter nu ligger på tredje plats. IFK Mariehamn är på nionde plats.
I nästa match möter IFK Mariehamn AC Oulu borta på lördag 7 augusti 15.00.