Över 350 hushåll har evakuerats, vägar har stängts och skolor har ställt in dagens lektioner.
Värst är läget i Campanillas nära Málaga, där en flod svämmat över och tvingat hundratals invånare att lämna sina hus. Natten till tisdagen sov de evakuerade i en närbelägen idrottsanläggning.
Enligt Andalusiens styre hotar 19 floder i regionen nu att svämma över. Totalt 40 huvudvägar har stängts av, liksom en rad tåglinjer, på grund av de stigande vattenmassorna.
Samma område drabbades hårt av skyfall i november i fjol, då fler än 233 människor omkom i förödande översvämningar.
