Utöver dödsoffren skadades minst sju personer, enligt hälsodepartementet i Beirut.
Libanons president Michel Aoun fördömer attacken, som enligt honom utgör en varning som "avslöjar Israels intentioner" i Libanon.
Premiärminister Nawaf Salam kallar angreppet ett tydligt brott mot vapenvilan mellan Israel och Libanon, samt ett brott mot den FN-resolution som låg till grund för både krigsslutet 2006 och det eldupphör som undertecknades i november.
Utan förvarning
Enligt Israel dödades Hassan Bdair, medlem i både Hizbollah och det iranska Revolutionsgardets Qudsstyrka, i attacken. Han uppges ha planerat en nära förestående attack mot civila israeler, skriver The Times of Israel.
"Angreppet riktades mot en Hizbollahterrorist som nyligen gav order till medlemmar av Hamas och assisterade dem i planeringen av en betydande terrorattack mot civila israeler", hävdade Israels militär i ett inlägg på Telegram strax efter angreppet.
Attacken skedde utan förvarning, bara dagar efter att Israel i fredags attackerade Beirut för första gången sedan eldupphöret mellan israeliska styrkor och terrorklassade Hizbollah trädde i kraft.
Manar till "åtgärder"
På bilder syns ett flerfamiljshus med stora skador som uppges ha varit målet för angreppet.
Ibrahim Musawi, talesperson för den Iranstödda shiamilisen Hizbollah, uppmanar efter attacken libanesiska myndigheter att vidta åtgärder för att "garantera libanesernas säkerhet".
I lördags uppmanade Hizbollahledaren Naim Qassem Israel att upphöra med sina "oacceptabla" attacker.
