"Den här attacken var väldigt systematisk, signifikant och på flera nivåer", uppger operatören Ukrzaliznytsia i ett uttalande.
Angreppet, som på måndagen är inne på sitt andra dygn, ska främst ha drabbat det digitala bokningssystemet.
Ukrzaliznytsia ansvarar för merparten av Ukrainas järnvägar, inklusive den frakt- och persontågstrafik som binder samman Ukraina med andra europeiska länder. De transporterar också ukrainska soldater till frontlinjerna i öst.
Det är oklart vem eller vilka som ligger bakom cyberattacken. Tekniker och landets säkerhetstjänst uppges jobba för att lösa situationen.
Ukrzaliznytsia har drabbats hårt av kriget i stort, med många anställda dödade i ryska attacker mot olika hörn av Ukraina. Drönar- och robotangrepp har också flera gånger satt landets tågtrafik på paus.
