De två flygplanen var redan i luften, på väg mot El Salvador och Honduras, när beslutet om ett stopp i 14 dagar kom från en federal domare, uppger regeringstjänstemän på söndagen.
Utvisningarna sker efter att Trump åberopat en krigslag från 1798 för att kunna utvisa papperslösa migranter. Det omedelbara syftet är att snabbt kunna deportera medlemmar av en venezuelansk kartell som Trump anser "invaderat" landet.
Domaren beordrade verbalt planen att vända om, vilket inte skedde, och den delen är inte heller noterad i det skriftliga domslutet.
"Hoppsan, för sent", skriver El Salvadors Trumpvänlige president Nayib Bukele på X.
Landet har ett avtal med USA om att ta emot migranter och sätta dem i förvar.
Utrikesminister Marco Rubio uppger på X att fler än 250 kartellmedlemmar tagits emot av El Salvador.
De amerikanska myndigheterna har inte presenterat något underlag för att personerna faktiskt är kriminella.
Lagen, Alien enemies act, är utformad för att åberopas när USA är i krig och användes senast under andra världskriget.
