Det är första gången sedan 2012 som Shiffrin slutar utanför topp 30 i en världscuptävling och inte kvalar in till andra åket.
Shiffrin har tidigare berättat att hon lider av mentala problem när hon ska köra sin tidigare paradgren, efter den svåra kraschen i Killington i november.
"Jag är fortfarande inte mig själv", skrev amerikanskan på Instagram inför fredagens tävling.
Shiffrin hade tänkt göra comeback i storslalom i VM men sköt på det till världscuphelgen i italienska Sestriere.
Där har hon nu stått för två raka bottennapp.
Först 25:a på fredagen och sedan 33:a på lördagen.
Med 99 världscupsegrar i karriären är Mikaela Shiffrin tidernas mest segerrika åkare.
I prisskåpet finns också två OS-guld och åtta VM-guld – det senaste i lagkombinationen i Saalbach för en och en halv vecka sedan.
