Kvinnan som stod bakom anklagelserna har via sin advokat lagt ned sin talan i det civilrättsliga målet, skriver Variety, med hänvisning till rättsdokument.
Jay-Z beskriver i ett inlägg på Instagram de misstankar som riktats mot honom som "påhittade och avskyvärda".
"Detta civilmål saknade grund och skulle aldrig ha lett någonstans. Den fiktiva saga som de skapade hade varit att att betrakta som skrattretande om det inte vore för allvaret i påståendena", skriver han.
"Det trauma som min fru, mina barn, nära och kära och jag har utstått kan aldrig avfärdas", fortsätter han i uttalandet, som publicerats på hans bolag Roc Nations Instagramkonto.
Kvinnan hävdade innan att hon blev våldtagen av Jay-Z tillsammans med Combs i samband med en efterfest under MTV Video Music Awards 2000.
Combs har suttit häktad i Brooklyn sedan han greps den 16 september i fjol, anklagad för en lång rad sexuella övergrepp mot över 120 personer.
Rättegången mot honom inleds den 5 maj.
