Förslaget rörde ett avtal om budgeten för kommande halvåret, då nuvarande finansieringen för flera federala myndigheter löper ut 1 oktober.
Republikaner har i utbyte mot att budgeten godkänns krävt att delstaterna inför en sorts kontroll av medborgarskap för att få registrera sig för att få rösta. Även Johnsons förslag byggde på ett sådant krav. Men flera republikaner nobbade ändå förslaget, vilket var väntat.
Bara timmar innan omröstningen uppmuntrade presidentkandidaten Donald Trump sina partivänner att fortsätta att utnyttja hotet om nedstängning av delar av staten, så länge det inte är uppenbart att kravet om medborgarskapskontroller genomförs.
Kravet förkastas nämligen av Demokraterna. Kritiker menar att det skulle frånta miljontals amerikaner som inte har ett lättillgängligt födelsebevis eller pass möjligheten att registrera sig för att få delta i valet.
Vi har tid att fixa situationen och vi kommer att ta itu med det, sade Johnson efter omröstningen.
