Beslutet motiveras av att knivskärningar har blivit "mycket vanligare", säger Borne.
Genomsökningarna påbörjas under våren och genomförs av polis då skolpersonal inte har rätt att visitera elever.
I början av februari skadades en 17-årig elev allvarligt efter en knivskärning på hans skola i Bagneux sydväst om Paris.
I ett område norr om huvudstaden, där brottsligheten är över genomsnittet, har cirka 20 högstadie- och gymnasieskolor placerats under polisbevakning. Enligt myndigheterna är det för att "förhindra en upprepning av våldsamma handlingar" efter en rad incidenter i Paris.
