President Donald Trumps besked kom sent på söndagen i ett inlägg på plattformen Truth Social där han hyllar Bongino som "en man med otrolig kärlek och passion för vårt land".
Både Bongino och den nye FBI-chefen Kash Patel, som godkändes av senaten förra veckan, beskrivs som Trumplojala. Patel har meddelat att han har som avsikt att göra om federala polisen FBI, bland annat genom att lägga större vikt vid traditionella brottsbekämpande uppgifter.
Som biträdande direktör kommer Bongino att vara Patels andreman på posten som traditionellt brukar ansvara för den dagliga brottsbekämpande verksamheten.
Varken Bongino eller Patel har tidigare tjänstgjort inom FBI.
