Den 32-åriga mannen var anställd på Mulagosjukhuset norr om Kampala, enligt Diana Atwine, ständig sekreterare på Ugandas hälsodepartement.
Efter att fått feber behandlades han på flera olika ställen i landet. Mannen avled på onsdagen, och det var först efter hans död som det bekräftades att det var ebola han drabbats av.
Hälsomyndigheterna har "full kontroll" över situationen, uppger Atwine. Mannen hade kontakt med minst 44 personer, inklusive 30 sjukvårdare och en patient på sjukhuset i Kampala, enligt hälsodepartementet.
Ebola smittar via kroppsvätskor. Vanliga symtom är feber, kräkningar, diarréer och blödningar. Dödligheten har beräknats ligga på 50–90 procent.