MFF föll så sent som i torsdags mot ungerska Ferencvaros i Europa League med 1–4 och har bara vunnit en av fem matcher hittills.
Mot Torslanda på Malmö IP hade MFF det tuffare än förväntat. När inhoppande Gudjohnsen i 87:e minuten gjorde 2–1 såg det dock ut att lösa sig.
Men Torslanda kvitterade på tilläggstid då John Bright tryckte in 2–2.
Gudjohnsen gjorde sedan två mål i förlängningen med ett distinkt skott i nättaket och på nick.
Övriga Malmömål gjordes av Isaac Kiese Thelin (på straff) och Søren Rieks.
På tisdag lottas gruppspelet i svenska cupen.
Malmö FF:s nästa match i Europa League spelas den 12 december då Galatasaray väntar på hemmaplan.
