I samband med ett möte med Japans premiärminister Shigeru Ishiba i Washington på fredagen sade Trump att han vill ha "jämlikhet" i handeln mellan de båda länderna och svarade ja på frågan om tullar väntar om läget inte förändras.
Den japanska ekonomin, som i flera årtionden dragits med tillväxtproblem, är export- och frihandelsberoende.
Vid en gemensam presskonferens efter mötet sade Trump också att Japan ska köpa rekordstora mängder flytande fossil gas (LNG) av USA.
Även den mångårigt segdragna surdegen där japanska Nippon Steel nekats att köpa US Steel avhandlades.
Där klargjorde Trump att det inte blir något köp men att han gladdes över att Nippon Steel lovat att "investera tungt" i det amerikanska stålbolaget.
Ishiba sade att Japan är det utländska land som investerar mest i USA, och han vill nu nå överenskommelser om att öka detta ännu mer.
Tidigare har Trump viftat hotfullt med tullvapnet mot bland andra Kina, Kanada, Mexiko och EU.
