Under samtalet som varade i 45 minuter hänvisade hon till vad Grönlands regeringschef Múte Bourup Egede sagt om att Grönland inte är salu.
"Statsministern har gjort gällande att det är upp till Grönland självt att fatta ett beslut om självständighet", skriver statsministerns kansli i ett pressmeddelande.
Donald Trump har gått ut med att han vill ta kontroll över Grönland. Han har även sagt att en militär insats inte är utesluten.
Samtalet handlade bland annat också om säkerhetsläget i Arktis.
"Statsministern betonade under samtalet vikten av att stärka säkerheten i Arktis och att kungadömet Danmark är redo att ta ett större ansvar för detta", skriver statsrådsberedningen i pressmeddelandet.
Frederiksen och Trump har kommit överens om att fortsätta dialogen mellan dem.
