Överlämnandet av gisslan till Röda Korset skedde på Salah al-Din-vägen, den stora landsvägen som löper genom hela Gazaremsan, rapporterar medier.
En stund senare bekräftade israelisk militär att man fått tillgång till de tre männen. De ska nu genomgå medicinska kontroller i Israel innan de får träffa anhöriga.
Det extremislamistiska palestinska Hamas har gjort varje frisläppande till ett propagandanummer, där gisslan paraderas på en scen omgiven av stora skaror hotfulla milismän. Senast i förra veckan reagerade Israels premiärminister Benjamin Netanyahu starkt på det, och pausade frisläppandet av fångar i några timmar i protest mot hur gisslan behandlades.
Under dagen släpps i gengäld 183 fångar på Västbanken. Samtliga är palestinska män, och många är av Israel dömda för grova terror- och våldsdåd.
Frigivningarna sker varje vecka, som ett led i den vapenvila Israel och Hamas kom överens om i Gazakriget i mitten av januari. Uppgörelsen ska pågå i sex veckor. Därefter ska en ny fas ta vid, men den är ännu inte färdigförhandlad. Och nya frågetecken har uppstått kring kommande steg, sedan president Donald Trump i veckan hävdade att USA ska ta över Gazaremsan.