Den serbiske världssjuan tappade sin serve till 4–5 i första set, grimaserade och visade tydligt att ljumsken smärtade.
Han fick besök av fysioterapeuter vid bänken och efter ett kortare samtal lämnade stjärnan för att få läkarvård i Rod Laver Arenas inre.
När 37-åringen var tillbaka på banan – med en linda högt upp på vänster ben – tappade han första set.
Vände till seger
Sedan kom vändningen.
Djokovic, som vunnit Australian Open tio gånger, tog andra och tredje set med 6–4 respektive 6–3. I fjärde fick stjärnan omgående ett grepp och säkrade till slut semifinalavancemang efter 6–4.
Jag är fortfarande med i turneringen och vill inte avslöja för mycket, säger han på frågan om skadan under segerintervjun.
Men medicinen kickade in och det hjälpte. Jag tog ytterligare en dos – det låter hemskt – men jag var tvungen. Om jag hade förlorat andra set hade jag nog inte fortsatt spela.
När medicinen slutar verka så får vi se hur allvarligt det är men just nu vill jag bara stanna i stunden och njuta av segern.
"När ska ni sova?"
Djokovic blev sedan förvånad över att hans barn fortfarande var kvar på läktaren.
Jag älskar er och tack för stödet men klockan är ett på natten – när ska ni sova?
Novak Djokovic har nu vunnit fem av åtta matcher mot 21-årige Alcaraz, varav en var OS-final i Paris i somras.
I semifinalen väntar tyske Alexander Zverev, som tidigare på dagen vann med 3–1 mot amerikanen Tommy Paul.
Återhämtning är allt jag tänker på nu, säger Djokovic.
